一、在日本进行并购的手续流程

1.签订并购意向书：筛选好目标公司后，中国企业和日本企业（或拟转让股份的股东）签署并购意向书，约定并购的意向以及日本企业配合中国企业进行尽职调查。

2.签订保密协议：双方签订保密协议，以保护交易过程中的敏感信息。

3.尽职调查：对目标公司进行详细的尽职调查，包括财务、法律、税务等方面。

4.签订正式协议：根据尽职调查结果，双方签订正式的并购协议。

5.履行法定义务：根据并购方式，可能需要履行金融商品交易法规定的诸多法定义务，如公告、申报等。

6.完成交割：按照协议约定完成股权或资产的交割，并办理相关登记手续。

二、在日本设立法人的手续流程

1.确定公司名称和经营范围：公司名称不能与已注册的公司重复，经营范围要明确具体。

2.准备注册所需材料：包括股东和董事的身份证明、注册地址证明、公司章程等。

3.向日本的注册机构提交申请：提交申请后，等待审核。审核通过后，领取营业执照。

4.办理税务登记：在取得营业执照后，需办理税务登记。

5.开设银行账户：根据公司需要，开设法人银行账户。

6.其他手续：如社保登记、劳动保险等，根据公司业务需求办理相关手续。

三、在日本设立分公司的手续流程

1.确定分公司代表人：分公司代表人必须是持有合法在留资格居住在日本的外国人或日本人。

2.准备注册所需材料：

（一）外国总公司的设立证明文件（如营业执照）及公司章程，需在外国总公司所在地的公证处进行公证，并附上日语翻译。

（二）日本分公司的注册地址，可以是虚拟办公室地址或实体办公室地址。

（三）外国总公司设立日本分公司的决议书（会议录等）。

3.编制宣誓书：关于外国总公司及日本分公司概要的宣誓书，需在外国总公司所在地的公证处进行公证。

4.提交注册申请：向日本法务局提交分公司登记申请表，完成登记手续。

5.领取登记簿副本及印章证明书：完成登记后，领取相关证明文件。

6.办理税务登记：向税务署提交税务登记申请。

7.开设银行账户：以分公司名义开设银行账户。

8.其他备案通知：向市政府、都税办公室等提交备案通知。

注意事项

法律法规：日本对并购式外资有严格的法律规制，如《外汇法》要求部分外国投资者的外国直接投资和特定收购交易必须事先申报。

行业限制：日本部分行业对外国投资有限制，投资者需提前确认目标行业是否受限。

文化差异：中日商业文化存在明显差异，投资者需要了解和尊重当地文化，避免因文化冲突影响公司运营和商业关系。